잉카제국의 유적 마츄피츄를 방문한 ‘우주’와 ‘케로로 소대’. ‘케로로’의 머리 속엔 온통 퍼렁별(지구)을 침략하겠다는 의지로 가득하다. 소대 일행은 미로와 같은 유적을 발견하지만, 곳곳에 있는 함정 때문에 제대로 된 탐사는 시작도 못한 채 도망치게 된다. 한참을 도망치던 중 ‘우주’는 거대 공중도시에서 한 명의 소녀를 발견하고 함께 서울로 돌아오고 ‘우주’와 ‘케로로 소대’의 앞에 모습을 들어낸 최강의 적, ‘다크 케로로’는 ‘케로로’와 모습은 똑같지만 ‘케로로’와는 달리 신속하며 냉철하게 퍼렁별 침략을 세운다. ‘시바시바’, ‘도루루’, ‘미루루’ 등 우수한 부하들을 데리고, 세계각지에서 침략을 시작 하는데… 과연 그들을 막아선 ‘케로로 소대’의 운명은!?